人诱导多能干细胞(hiPSCs)是疾病建模、再生医学的核心工具,但传统培养依赖Matrigel等动物源涂层,存在批次差异大、临床应用受限的问题;而人源重组蛋白筛选因传统高通量筛选(HTS)试剂消耗大、成本高难以推进[1]。dropletmicroarray(DMA)平台凭借超微量反应(200 nL/斑点)、低消耗(蛋白用量仅为96孔板的1/860)的优势,为解决这一难题提供了新思路。本研究通过DMA筛选231种人源蛋白组合,成功挖掘出可长期维持hiPSCs多能性的无动物源涂层,为hiPSCs临床转化与基础研究奠定基础。
实验方法
01、核心平台与材料设计
采用超疏水-亲水界面构建的DMA芯片(7.5×2.5cm,含672个1 mm×1 mm独立斑点,图1),选取11种人源蛋白(如EphB4、EpCAM、LN521等),设计单组分、55种二元组合及165种三元组合,共231组筛选体系,以Matrigel为阳性对照、无涂层为阴性对照。
图1. 筛选工作流程的示意图。打印:将60 nL的蛋白质溶液(每个蛋白质的最终浓度为10μg mL-1)打印到每个预定的点上,在RT下孵育2 h,然后加入细胞悬液。培养:hPSCs按200 nL/斑点的体积配制,培养24 h后IF染色检测NANOG的表达。图像分析:定量IF染色的平均荧光强度。圆圈的大小和颜色与免疫荧光法测定的NANOG的相对表达相对应:左下角对应Matrigel对照的表达,红色和小圆圈表示NANOG的表达低于Matrigel对照,绿色和大圆圈表示NANOG的表达高于Matrigel。初步的HTS包括11个单一蛋白、55个二元组合和165个三元组合,共231个筛选组。验证:选择HITS,并在长达五周的培养期间,通过对一组更大的多能性标记(转录因子:Nanog、SOX2、OCT-4A,细胞表面标记:SSEA4、TRA-1-81和TRA-1-60)的免疫荧光染色,在HiPSCs中进一步验证HIT。比例尺:50 μm。
02、关键操作与I.DOT应用
蛋白涂层制备:通过I.DOT非接触式纳升级移液系统将60 nL浓度为10μg/mL的蛋白溶液精准打印至DMA斑点,室温孵育2h实现涂层(图1流程第一步),全程维持70%湿度避免液滴蒸发,确保微量蛋白溶液的均一性与稳定性。
hiPSCs接种与培养:同样使用I.DOT打印200 nL hiPSCs悬液至蛋白涂层斑点(图1流程第二步),将DMA置于含湿润垫的培养皿中,37℃、5%CO培养24h(图1流程第二步)
03、关检测与验证流程
培养后通过免疫荧光染色检测多能性标志物 NANOG(图 1流程第三步),利用自动荧光显微镜成像并量化荧光强度(图 1流程第四步);对初筛阳性组合进行5代长期培养,通过qPCR和免疫荧光验证多能性标志物(NANOG、SOX2等),并通过类胚体(EB)形成实验验证三胚层分化能力(图2A流程)。
图2. 通过分化成三个胚层来验证来自初步筛选的两个命中。A)HiPSCs分化为三个胚层的示意图。(B)在未分化集落(NC)和表面涂有MG、BIK(EphB4+DAG1+LN521)和GHK(EpCAM+BSG+LN521)的HiPSCs中,检测FOXA2(内胚层)、brachyury (中胚层)和-微管蛋白3(外胚层)的标记。比例尺:20 μm。
实验结果
01、DMA 平台可行性验证
hiPSCs在DMA上的存活与多能性:非接触纳升级移液系统I.DOT接种的hiPSCs活力达69.43%,显著高于手动接种的58.28%;细胞表达SOX2、OCT-4A、NANOG等多能性标志物,与微孔板培养结果一致(图 3A),且E-钙黏蛋白表达符合多能性特征(图 3E),证明DMA可维持hiPSCs特性。
实验质量保障:阳性(Matrigel)与阴性(无涂层)对照的NANOG荧光强度差异显著,Z'因子达0.64(图 3D),符合高质量HTS标准,确认筛选体系可靠。
图3.筛查方案的有效性。A)在涂有Matrigel的DMA玻片上200 nL液滴中培养的HiPSCs的典型共聚焦激光扫描显微镜(CLSM)图像,并对六种多能性标志物进行染色:SOX2、OCT-4A、NANOG、TRA-1-60、SSEA4和TRA-1-81。三个独立的实验(n=3)获得了可比较的结果。用DAPI对细胞核进行反染。比例尺:50μm。b)阳性对照(Matrigel,MG+)和阴性对照(非Matrigel,MG-)培养的HiPSCs的亮视野图像。标尺:100μm. c)NANOG表达水平作为初步筛选的读数。如果在DMA上进行染色,然后进行自动显微镜观察。一张图片中的所有菌落都来自这一滴。比例尺:50μm.d)对培养在阳性和阴性对照上的HiPSCs的平均亮度(平均荧光强度)进行定量,并对多能性标记NANOG进行染色。平均荧光强度计算为总荧光强度除以面积(以像素为单位)。*P <0.001,阳性对照和阴性对照有显著差异。(Z′值介于0.5和1之间,对应于高质量的筛选试验)。数据以平均值±3SD表示。(n=3)E)阳性和阴性对照涂层培养的HiPSCs中E-钙粘蛋白表达的CLSM图像。E-钙粘附素介导细胞间的相互作用,并有助于干细胞克隆的形成和多能性。因此,在阳性对照涂层上,未分化的HiPSCs高表达E-cadherin,而在阴性对照涂层上,分化的HiPSCs显示低或不表达E-cadherin。用DAPI对细胞核进行反染。比例尺:25 μm。
02
初筛:10种高活性三元蛋白组合脱颖而出
231组蛋白组合中,仅三元组合表现出显著多能性维持能力,10种组合的NANOG表达量显著高于Matrigel(阈值:mean+3SD,图4C)。其中BIK(EphB4+DAG1+LN521)和GHK(EpCAM+BSG+LN521)效果最强,NANOG表达分别为Matrigel的2.18±0.32倍和2.00±0.22倍(图4B、D);而单组分蛋白及二元组合均未达到阳性阈值,证明蛋白协同作用的重要性。
图4. 蛋白质初筛结果。A)筛查中使用的蛋白质及其相应字母代码的清单。B)显示在含有单一蛋白质和蛋白质组合的涂层上培养的HiPSC中NANOG表达的倍增变化的热图。每个独立阵列实验使用6个重复。将每个独立组的NANOG表达的平均荧光强度与在Matrigel(MG)涂层上培养的细胞的NANOG表达水平进行归一化(阳性对照)。绿色表示NANOG的高表达水平(自我更新能力较强),红色表示与阳性对照(MG+)涂层上培养的细胞的标记表达水平相比,NANOG表达较低(自我更新能力较低)。C)在筛选中显示所有测试蛋白质组的相对NANOG表达的曲线图。蛋白质包被促进NANOG表达显著改变的阈值设为Mean+3SD。红柱表示阴性对照(无涂层,MG-),绿柱表示阳性对照(MG涂层,MG+),紫柱显示阳性hits。D)在初步筛查中确定的前十个阳性hits的列表。
03
验证:长期多能性维持与分化能力
长期培养:BIK和GHK涂层支持hiPSCs连续5代培养,细胞形态呈典型克隆状(图S10),NANOG、SOX2、OCT-4A的基因与蛋白表达水平与Matrigel无显著差异(图5B、C);而对照组合DIK(E-Cadherin+DAG1+LN521)虽能促进细胞贴壁,但多能性标志物逐渐下调(图5B、C)。
三胚层分化:BIK和GHK培养的hiPSCs可形成类胚体(图2A),并成功分化为内胚层(FOXA2+)、中胚层(brachyury+)和外胚层(β-Tubulin3+),与Matrigel组分化能力一致(图2B),确认其多能性维持效果。
图5.蛋白质涂层对hiPSCs长期培养的影响:验证两种最有效的三元蛋白质组合(BIK和GHK)的效率。A)hPSCs在非涂层12孔板、Matrigel(MG)涂层12孔板以及DIK、BIK和GHK涂层12孔板上4天的集落附着效率。初步筛选发现BIK(EphB4+DAG1+LN 521)和GHK(EpCAM+BSG+LN 521)表达较强的NANOG,而以DIK(E-钙黏蛋白+DAG1+LN 521)蛋白培养的细胞NANOG表达较低。数据以平均值±3SD表示。(n=3)在MG、DIK、BIK和GHK涂层上培养的HiPSCs的图像,并对6种多功能标志物进行染色:Nanog、OCT-4A、SOX2(绿色荧光);TRA-1-81、SSEA4、TRA-1-60(红色荧光)。比例尺:50μm。c)生长在MG、DIK、BIk和GHK包被的井板上的hiPSCs 5代(n=3,生物复制)的多能性标记基因(NANOG、OCT4和SOX2)的定量聚合酶链式反应分析。对照参考基因GAPDH对基因表达数据进行归一化。在培养在DiK、BIK和GHK涂层上的HiPSCs中,基因表达水平与生长在MG上的细胞的基因表达水平正常化。数据以均值 ±SEM(标准误)表示。**P <0.01和*P<0.001,MG组与Dik组之间有显著差异。
总结与讨论
该研究通过DMA平台实现了hiPSCs多能性维持蛋白组合的超微量高通量筛选,其核心突破在于:一是极致降本增效,仅用0.83 μg蛋白、2.8×10个细胞完成231组筛选,蛋白与细胞消耗分别仅为96孔板的1/860和1/25,大幅降低人源重组蛋白筛选成本并解决传统HTS的资源瓶颈;二是提供无动物源解决方案,筛选出的人源蛋白组合BIK(EphB4+DAG1+LN521)和GHK(EpCAM+BSG+LN521)无批次差异与临床应用限制,可替代Matrigel实现hiPSCs长期培养,为再生医学临床转化提供关键工具;三是凸显I.DOT非接触式纳升级移液系统的核心价值,其能精准打印60nL蛋白溶液与200 nL hiPSCs悬液,避免交叉污染与液滴蒸发,保障微量反应体系的稳定性与重复性,是DMA平台高效运行的关键支撑,未来该技术还可进一步拓展至其他稀缺细胞(如原代细胞)与昂贵分子的筛选,为干细胞生物学、药物发现等领域提供微型化 HTS新范式。